El programa de Doctorado en Ciencias Agrarias contempla los siguientes núcleos de formación:
- Fundamentación.
- Profundización.
- Investigación.
- Complementarios.
El plan de estudios se ha diseñado de manera tal que el alumno doctorando pueda dedicar los dos primeros años para realizar las actividades correspondientes a cursos y seminarios, dejando tiempo suficiente para destinarlo al desarrollo de la tesis en los últimos años.