El Doctorado en Ciencias Agrarias cuenta con 4 Líneas de Investigación, una de las cuales es transversal a las otras:
Grupos de Investigación que sustentan el Programa y su relación con las líneas de Investigación:
| Grupo | Categoría | Líder |
|---|---|---|
| Línea de profundización en Acuicultura | ||
| Instituto de Acuicultura de los Llanos Orientales -IALL – | C | Walter Vásquez Torres |
| Reproducción y Toxicología de Organismos Acuáticos -GRITOX- | B | Víctor Mauricio Medina Robles |
| Grupo de Investigación en Alimentación y Nutrición de Organismos Acuáticos - GRANAC- | C | Martha Inés Yossa Perdomo |
| Sanidad de Organismos Acuáticos | C | Pedro René Eslava Mocha |
| Línea de profundización en Producción Tropical Sostenible | ||
| Producción Tropical Sostenible | C | Álvaro Ocampo Durán |
| Reproducción y Genética Animal –GIRGA- | C | Agustín Góngora Orjuela |
| Línea de profundización en Gestión Ambiental Sostenible y Transversal a todas las líneas | ||
| Grupo de investigación Gestión Ambiental Sostenible-GIGAS- | B | Juan Manuel Trujillo González |